水权问题，伴随中国水资源紧张而成为近年来水资源管理领域的核心工作。2000年国家水资源主管部门投入了大量的人力物力，研究、探索和推动水权制度的实施。2005年1月，水利部下发了《水利部关于水权转让的若干意见》。《意见》认为，健全水权转让的政策法规，促进水资源的高效利用和优化配置，是落实科学发展观，实现水资源可持续利用的重要环节。而近来出现的一些地方上的“水权交易”，实际都是在水利部的引导和组织下完成的。

　　水权制度的建立，是一条加强水资源管理的可行之路，可是，水权制度实施所需要的水资源的宏观稀缺条件虽已基本满足，但其需要的法律保障体系却远未完善。在目前中国的政治和经济体制之下，选择什么样的水资源管理体系，不同的政府机构有不同的观点，而研究机构也各执一词。清华大学水业政策研究中心认为，水权制度在中国的推进将受到诸多因素的制约：

　　首先，水资源管理目前属于中央政府权利，水资源的中央集权使大规模调水工程决策简单而直接。这种体制利于保障国家安全，中央政府调配能力强，但政府决策的科学性保障较差。而水权制度将使中央政府权利受到制约和弱化，水资源将依托市场进行资源配置。政府将由全过程的水资源管理，变为初始水权的分配和交易规则的监管，管理力度将明显下降。因此成为水权制度推进的一个障碍。

　　其次，面对水资源稀缺，以政府战略性干预和严格管理为核心的节水工作也呈日益加强趋势，国务院已经将《节约用水条例》的制定列为2005年“一档”立法计划，正紧张制定中，将于年内出台。国家是选择以计划用水和定额用水为特征的节约用水体系，还是选择以水权为核心的市场体系来解决水资源危机，来保障经济发展和战略安全的水资源需求，成为水权制度是否在中国得以生根的决定性因素之一。在水资源成为国家战略资源的背景下，这种选择的答案还难以确定。

　　再次，从现有的水资源管理制度转变为水权体系，由于调整了水资源管理的目标和职能，改变了管理运作方式，不是一种“水利行业管理”的简单权利升级，而是一种公共权利的加强，政府权利的制约和削弱。如水权民主协商机制的引入，如取水设施的社会化等等，都会对相关的政府部门、事业单位和国有企业的利益分配产生影响。目前我国以水利工程为核心的水资源系统的人员队伍相当庞大。基于市场的水权制度，对其利益集团的影响一旦显现，将会出现巨大阻力。